Ra mắt cùng lúc với các phiên bản EQE SUV thông thường là 2 phiên bản hiệu năng cao mang tên AMG EQE 43 và AMG EQE 53.
Mercedes-AMG EQE 43 4Matic SUV cũng trang bị hệ thống mô-tơ điện tương tự như bản EQE SUV 500, nhưng đạt được công suất 476 mã lực (350 kW) và mô-men xoắn cực đại 858 Nm. Phiên bản này có thể tăng tốc 0–100 km/h trong vòng 4,3 giây, với vận tốc tối đa 210 km/h.
Tuy nhiên khi lên đến phiên bản cao cấp nhất là Mercedes-AMG EQE 53 4Matic+ SUV, lúc này các mô-tơ điện chuyển thành loại đã được bộ phận AMG thiết kế riêng, có sức mạnh lớn hơn rất nhiều và sở hữu hệ thống tản nhiệt hiệu năng cao cũng như bộ điều tiết dầu hộp số. Nhờ đó, phiên bản này có công suất lên tới 626 mã lực (460 kW), mô-men xoắn cực đại 950 Nm, tốc độ tối da 220 km/h.